とありますが、コウちゃんはオリジナルクリスタルを二個所有したまま未来のハルナの元に戻ります。
メモリアルートエンディング直前でハル姉にオリジナルクリスタルが二個はまったペンダントを見せていますし。
そうすると、３．の世界にはオリジナルクリスタルが一つも存在しないことになります。
この世界の未来を考察すると仮説として

１、未来に飛ばされてきた宏一を由佳里さんが発見し（三年前）、いつかハルナにあったとしてもクリスタルがないので
記憶を戻せないルートができる。
すなわち記憶喪失のまま、ループしないハルナルートが存在する。
アイカが研究をしていて香奈美が存在していたとしても香奈美ルートでは香奈美は助かりません。
宏一は真奈美を使ってアステリアにも行けません。

２、三年前に宏一が飛ばされてこず、メモリアルートの終盤で現れたパーフェクト宏一のみがその時間に現れるルート。この世界ではまだハルナとは付き合っていない。ハルナはどこかで宏一を待っているはず。（ハルナはゲート前におらず、宏一はハルナに会いにいくと思われる）
ハルナルート以外は起こらない世界。

そもそも宏一はどこからきたのかわからないのですが、
未来で何らかの事情があってオリジナルクリスタルを持って過去のアステリアに飛ばされてきたのが初めだと思ってます。そしてその後ハルナルートでループしてしまっていたわけです。
メモリアルートでオリジナルクリスタル二個によりパーフェクト宏一の記憶になった時点で
過去のアステリアに飛ばされてくる前の記憶も戻っていると推測されます。
そもそもオリジナルクリスタルを持って過去のアステリアに飛ばされているはずですから
ループ以前の記憶も蓄積されていたはずです。

本編のメモリアルート終盤のパーフェクト宏一はそもそも過去のアステリアに
ハルナ、智枝、香奈美、アリサ、サラがやってきたユウキルート
のどれかの未来から飛ばされてきたのかもしれないし、
未知なるルートから来たのかもしれません。
しかしパーフェクト宏一がループ以前の記憶も戻っているはずなのに
ハルナと結ばれて終わったところを見ると
過去のアステリアに来る前に,そもそもハルナと関係があったんだと思いたいです。

やはり真のヒロインはハルナだったんでしょうね。

アステリア人とエステリア人では年のとり方が違うのではないでしょうか？
memoriaでハルナが宏一の成長速度について触れていましたが
戻った年数と年齢の容姿の差異を説明するにはちょうどいいのではないでしょうか。

とりあえず世界観の説明が足りなくて理解に苦しむ部分はありますが考えていて楽しいものではありますね。
日常文の冗長さは異常ですが。